急性淋巴细胞白血病亚型的遗传学特征
St. Jude儿童研究医院的–华盛顿大学儿科癌症基因组项目团队确定遗传变化的基本类型的前B细胞急性淋巴细胞白血病
从St. Jude儿童研究医院的–华盛顿大学儿科癌症基因组计划的一个国际研究小组（pcgp）和儿童肿瘤学组（COG）确定了巩固一个亚型，最常见的癌症在儿童身上发现的基因变化。这种形式的前B细胞急性淋巴细胞白血病（ALL）特征的两个转录因子称为DUX4和ERG基因变化，密切控制人体血液细胞的其他关键的基因活性蛋白。这些研究结果发表在今天的《自然遗传学》杂志上。
白血病是儿童癌症中最常见的类型，约占儿童癌症的百分之30左右。前体B细胞急性淋巴细胞白血病（ALL），反过来，所有的最常见的类型（百分之80）。在B-ALL，未成熟的白细胞被称为B细胞淋巴母细胞增殖并迅速积累在血液和骨髓。
“我们的工作是出于缺乏对B-ALL病例多的遗传基础信息，”作者Charles Mullighan，M.B.B.S.，M.D.，圣裘德病理区的一员。“我们在我们的研究中发现了一些患者血液样本中的一个独特的基因模式，并希望确定这个信号背后的分子事件。”
研究人员对一组1913例B-ALL了解亚型的遗传基础。这组患者包括儿童，青少年和年轻的成年人。微阵列和转录组测序发现这些B-ALL患者百分之7.6有独特的基因科学家们想进一步描述。
科学家发现了转录因子如何导致白血病发生的独特机制。
“我们的工作表明，这种类型的B-ALL有一序列的分子事件，涉及两个转录因子的相互作用，”Mullighan说。
转录因子是与特定DNA序列结合的蛋白，它调节从DNA到信使RNA的遗传信息的表达。芯片测序是研究蛋白质与DNA相互作用的一种方法，是揭示两种转录因子之间联系的关键。测序研究发现转录因子基因DUX4在所有情况下，这个亚型的重排，导致DUX4高表达。DUX4显示绑定到该基因的转录因子ERG，导致表达异常视网膜电图。ERG松绑妥协ERG功能是通过基因的部分缺失，或以另一种形式的ERG的表达（ergalt）。在这两种情况下，观察到的ERG转录因子失去活性，从而导致白血病。
“在发现DUX4融合异常ERG亚型之间的连接需要将全基因组测序，使用新的计算方法，我们开发了RNA测序和ChIP-seq数据，”景慧张说，博士，对计算生物学和该论文的第一作者圣裘德系主任。这种亚型ALL基因组景观也可以使用可视化的proteinpaint（山核桃。stjude. org），一个强大的交互工具开发在圣裘德儿童癌症的突变和基因表达的研究。
作者Li Ding，博士，麦克唐奈的基因组研究所主任助理在圣路易斯，华盛顿大学医学院在肿瘤科主任指出：计算生物学，“我们的数据表明，一个DUX4基因重排是目前在所有的情况下，对患者不同的基因表达谱的研究发现。DUX4基因重排的是克隆的事件，获得在白血病的早期发展。”
作者Stephen Hunger，M.D.，在费城儿童医院肿瘤科主任，说这种比较常见的遗传缺陷相关的子集，充分理解前B-ALL DUX4异常发现不。他说：“这些结果强调，我们还需要更多地了解所有人的基因变化，这方面的知识有助于改善患者的治疗.”。
研究人员希望识别两个转录因子之间的关系，从而为患者提供新的诊断测试。DUX4 / ERG各与有利的结果，即使其他有害的基因突变是目前。目前，只有转录组和基因组测序有助于识别DUX4重排。科学家们说，其他的检测方法，例如荧光杂交和染色体检查在显微镜下（染色体），不足以识别的基因改变DUX4。
其他研究作者是Kelly mccastlain，Hiroki Yoshihara，贝思旭，云超昌，Michelle Churchman，吴刚，雍金利，Lei Wei，亚科布齐，刘禹，春旭去，Ilaria，Ji Wen，Michael Edmonson，Debbie Payne Turner，Kathryn G. Roberts，Jing Ma，广春松，John Easton，Heather L. Mulder，陈翔，Scott Newman，萧土玛，Michael Rusch，Pankaj Gupta，Kristy Boggs，James Dalton，闫玲柳，该公司vadodaria，Marcus L Valentine，德青佩，程程，俊阳，William E. Evans，Mary V. Relling，清汉贝，Sima Jeha，Sheila Shurtleff，Susana Raimondi，James Downing，圣裘德；Kerstin Kaufmann，Shin ichiro Takayanagi，Erno Wienholds，和多伦多大学的John Dick；ESM的éwaanders Radboud大学医疗中心，荷兰；Panagiotis Ntziachristos，Sofia Bakogianni，景静望，和Iannis Aifantis纽约大学医学院；Charles Lu，Robert S. Fulton，Lucinda Fulton，Yashodhan Tabib，Kerri Ochoa，Elaine Mardis和华盛顿大学的理查德·威尔森；佛罗里达大学的Meenakshi Devidas；Richard C. Harvey，陈一鸣，和新墨西哥大学的Cheryl Willman；Guido Marcucci的盖尔白血病中心；Clara Bloomfield，Jessica Kohlschmidt，和克日什托夫先生ó泽克俄亥俄州立大学；Montefiore医疗中心的北部，纽约Elisabeth Paietta；纪念斯隆-凯特林癌症中心的Martin Tallman；温迪股票芝加哥大学医学中心；Matthew Foster北卡罗来那大学的艾伯特爱因斯坦；Janis Racevskis医学院纽约；对费城儿童医院的Jacob Rowe；Selina Luger和米尼翁LOH三藩加利福尼亚大学；与德克萨斯大学MD Anderson癌症中心的Steven Kornblau。
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