迄今为止的测试通常屏蔽可能增加传统类型临床数据的风险模式。
调查人员和投资者越来越多地关注在人类栖息地找到安全港的微生物可能用于检测疾病 - 从急性感染到慢性炎症性疾病的可能性。
加利福尼亚大学戴维斯分校的进化与生态学研究员乔纳森·艾森（Jonathan Eisen）的实验室研究微生物对生态系统健康的贡献说：“微生物群可能是身体中许多不同事物发生的指标。“微生物群落对碳和氮的可用性和免疫系统的活化以及氧含量和水分含量以及温度来说都是非常好的读数。所有这些都很自信，我们知道影响微生物群落，“他解释说。
从这个角度来看，考虑到微生物群落成员，基因或输出（无论是蛋白质还是代谢物）都可以提供测量疾病状态或者预测个体对特定治疗的反应的方法，并不是那么大的跳跃。一些公司正在开发工具来做到这一点。
在肠道微生物诊断中使用的一个重点是跟踪诸如克罗恩病或溃疡性结肠炎的炎症性肠病（IBD），因为炎症标记那些条件可能会大大改变在大肠中生存和发育的微生物的类型。
过去的研究揭示了IBD中最有说服力的肠道微生物特征 - 它们远远超出了肠道中存在或不存在特定缺陷。具有这些和其他疾病的个体通常具有低于平常的肠道微生物多样性，并且降低无害的水平或“共生”微生物，为潜在的多个测试结果进行探索。
例如， 位于旧金山的uBiome提供了一个“SmartGut”测试，该测试涉及16S核糖体RNA细菌条形码基因的靶向测序以测量微生物组成。该测试在CLIA认证的美国病理学家学院 - 经认可的实验室中进行，并报告了与IBD至2型糖尿病与肥胖症相关的微生物模式。（Eisen最近下台了公司的科学咨询委员会，以避免与他追求的另一个项目发生潜在的冲突。）
该公司的网站表明，该方法在分析其目标的肠道微生物方面具有很高的准确性 - 具有99％的敏感性，平均而言，对目标缺陷的特异性为100％。将这些模式转化为临床线索变得更加棘手。
为此，uBiome研究人员发表了一项最新的PLOS ONE研究，旨在确定肠道微生物群体的正常变异性。使用与SmartGut测试相似的16S rRNA测序策略，他们对来自近900名健康个体的粪便样本进行分析，以跟踪28个肠道微生物物种或属的肠道水平，包括5种病原体，20种共生生物和3种被认为有益的 他们还概述了这些微生物与13种疾病类型之间的关联。
他们写道：“哪些生物在健康范围之外的组合信息可以由医生用来增加治疗计划，”他们写道：“ PLOS ONE论文中考虑的测试板”报道了一些不经常询问的微生物在临床上提供了对患者的整体肠道健康状况的更多了解。“
与其他以临床为重点的公司一样，uBiome将其SmartGut测试作为筛选工具进行销售，而不是确定性诊断，提供的结果通常更接近微生物线索云，而不是单个数据点，描绘出单一病原体 英国的 Map My Gut也正在使用16S测序进行测试，这些测试通过国家卫生服务部门的注册卫生专业人员对具有健康问题的个体（例如胃肠道状况或肥胖症）以及对肠道好奇的健康人员进行排序微生物和饮食。再次，微生物模式是主要的结果，公司的网站强调，这些测试“不是医疗诊断工具”。
另一家公司正在寻求其提出的诊断测试的更坚实的临床证据。BioSpherex的子公司Metabiomics刚刚公布了一项临床试验，旨在了解其细菌DNA条形码测序方法是否可以从粪便和/或结肠粘膜样品中预测结肠癌。调查人员招募了260名45岁至80岁的个体，他们也通过结肠镜检查进行了试验。这项研究于三月份结束，结果尚未公布。
还有其他公司，如第二基因组，更专注于开采微生物数据，开发新的疾病治疗代谢疾病或病症如IBD，尽管可以使用相应的诊断测试来将这些治疗方案定为最有可能从中受益的个体，第二基因组联合创始人兼资深生物信息学主任Todd DeSantis解释说。
休斯顿卫理公会医院的临床医生和研究员Eamonn Quigley 说，虽然微生物基诊断有“巨大的潜力” ，但我们需要仔细研究解释微生物数据，避免在尝试使用这些数据进行诊断时混淆线索。
Quigley在“ 自然评论 ”（Nature Reviews：Gastroenterology＆Hepatology）发表了一篇观点文章，其中概述了一系列考虑因素 - 从微生物群动态到个人的饮食习惯，运动习惯，年龄，健康状况等 - 可能影响微生物测试解释。他担任爱尔兰公司“消化健康”的咨询委员会，该公司利用微生物数据了解治疗炎症和感染性疾病的见解。
目前，建立的以微生物为基础的筛查测试是患者临床难题中的一项，而不是一种坚定诊断的着陆方法。但是，在诊断领域正在积极地进行测试，因为它们可以消除更多侵入性的诊断测试形式。
例如， 在最近的细胞代谢研究中，研究者记录了具有轻度至中度或晚期肝纤维化的非酒精性脂肪性肝病（NAFLD）的个体之间肠道微生物群落的差异。该小组利用细菌DNA提取细菌DNA并从受试者的粪便中测序，这种样本类型比通常用于确定NAFLD状态的肝脏活检更易于获得。
研究人员使用宏基因组测序，发现来自具有晚期纤维化的14名NAFLD患者的肠道微生物中的大肠杆菌水平高于正常水平，以及三十种其他微生物物种的代表性差异。
通过将关于这些先进纤维化相关微生物的信息与关于个体肠道微生物多样性，年龄和体重指数的线索相结合，该团队提出了一种预测NAFLD个体晚期纤维化的模型。这些结果与其他肝硬化或晚期纤维化患者的初步验证测试结果相提并论，可能最终只能排除排泄物和专业知识来寻找晚期肝脏疾病。
西奈山伊坎医学微生物研究所Jose Clemente研究员Jose Clemente说：“这是一个相对年轻的领域，所以你必须小心翻译这些发现的可能性，他的实验室正在与一些有兴趣使用微生物的公司进行讨论治疗IBD。他认为，单独使用肠道微生物也可能不足以及与宿主的相互作用，这可能是由个体的遗传学和某些条件的易感性驱动的。
克莱门特解释说：“只要看看孤立的任何因素，我不认为你会有非常准确的诊断工具。” “当你结合这些因素时，你会得到更好的准确性和诊断。”
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