癌症基因组学：提高对肿瘤分子变化的认识，产生更专业的治疗方法

随着基因组学的革命，科学家和医生们已经越来越多地能够在肿瘤细胞的内部运作，并确定特定的遗传改变，将其从他们的细胞来源的癌症。

对于大部分的癌症的历史，肿瘤的特点主要是由他们的身体出现在那里。随着近年来基因组学的革命，科学家和医生们已经越来越多地能够在肿瘤细胞的内部运作，并确定特定的遗传改变，将其从他们的细胞来源的癌症。

这一集故事的第一部分。二部分将研究的技术，使得它可以进行大量的肿瘤样本进行基因组研究。

这些研究人员正在学习回答问题，一直困扰着肿瘤学家：为什么用某种类型的癌症病人做好治疗，而接受同样的治疗别人做不好？为什么一个药物收缩一个病人&rsquo；的肿瘤而不是另一种'；的？即使在靶向治疗的时代，其中药物的目的是利用癌细胞&rsquo；特定的弱点，有的病人反应比别人更好。

&ldquo；我们；我知道，每一种癌真的是一个混合不同类型，&rdquo；伦纳德Saltz说，纪念斯隆-凯特琳'首席；胃肠肿瘤科。&ldquo；我们变得越来越聪明，开始打破常见的癌症更为具体的子群，我们可以找出如何制定个体化的治疗的病人。”；

提出了协同研究，进行遗传测试和临床试验对某些类型的肺癌，结肠癌、黑色素瘤、胰腺癌、胃癌、软组织肉瘤、急性髓细胞白血病（AML），其中。

丰富的信息

今天，一个主要的研究重点是寻找患者'的分子变化；肿瘤和绘图的突变与临床预后之间的关系。这可能是由于部分大型的数据库，记录所有患者&rsquo；的治疗和对它的反应和链接数据匿名的肿瘤样本，然后可以进行遗传分析。

&ldquo；对组织样品的强度，我们使用这些类型的研究是无法链接到我们的临床数据库，&rdquo；说，默里·布伦南，在纪念斯隆-凯特琳前外科病区主任国际项目的副总裁，他一直致力于他的大部分职业生涯发展前瞻性数据库可以连接到患者&rsquo；的组织样本。&ldquo；除收集肿瘤标本，几年前我们也开始收集正常组织，包括血液，从我们的病人。这让我们不仅为基因突变在肿瘤本身也为正常组织，可能表明癌症具有遗传成分的遗传标记。”；

提高什么原因导致癌症的遗传理解，最终会导致针对个别肿瘤的治疗。然而，&ldquo；当你看一个病人'所有的遗传变化；肿瘤，你得到这么多的数据，很难分辨；突变是导致癌症，这是随波逐流的乘客，&rdquo；塞缪尔说歌手的胃和混合肿瘤中心主任。&ldquo；怎样帮助你整理你的是当你拥有相同的癌症患者，你可以开始寻找所有这些模式。”；

许多纪念斯隆-凯特琳调查研究项目致力于梳理出这些分子的差异在各种癌症&mdash；从常见的类型，如乳腺癌和前列腺癌少见的癌症，如软组织肉瘤及各种儿童肿瘤。

合作学习的力量

从纪念斯隆-凯特琳研究人员在几个多中心合作，寻求理解的分子变化的特点癌活性。其中最大的是癌症基因组图谱（TCGA）共同资助的项目，一个由美国国家癌症研究所和国家人类基因组研究院&mdash；国家卫生研究院的部分。

纪念斯隆-凯特琳研究人员参与了TCGA从其最早的阶段和纪念斯隆-凯特琳目前有TCGA &rsquo；的基因组数据分析中心，这是共同领导的计算生物学家克里斯Sander和分子病理学家Marc启明。纪念斯隆-凯特琳研究人员已经在一些TCGA项目的关键参与者，包括详细的刻画，胶质母细胞瘤（脑肿瘤的一种类型）与卵巢癌的深入分析。

今年夏天，TCGA报道结直肠癌和肺鳞状细胞癌主要分析，大约占所有非小细胞肺癌百分之30。&ldquo；大肠癌研究结直肠癌目前最全面的表征&rdquo；医师科学家Timothy A. Chan说，谁在纪念斯隆-凯特琳'的核心成员；在TCGA项目团队。&ldquo；这项研究显示，可以通过肿瘤基因组学革命带来的好处，使我们对癌症的分子基础和确定治疗之前是没有明显的新的目标。”；

对于某些类型的癌症患者，基因检测已经是治疗的标准部分了。例如，在转移性结直肠癌患者中，肿瘤通常被检测为基因突变KRAS基因基因基因基因。这种先进的形式，该病的治疗包括药物西妥昔单抗（爱必妥^注册；）或panitumumab（Vectibix^注册；），这两者都是目标基因突变的抗体表皮生长因子受体。然而，研究人员在几年前了解到，对于那些有一定的病人KRAS基因基因基因基因在肿瘤中的突变，这些药物是无效的。测试有助于确保药物仅给那些有可能受益的患者，不必要的治疗和副作用。

同样，在肺腺癌&mdash最频繁的突变；另一种类型的非小细胞肺癌&mdash；在表皮生长因子受体和KRAS基因基因基因基因。有肿瘤的患者表皮生长因子受体突变通常反应良好治疗与靶向治疗埃罗替尼（特罗凯^注册；）。但腺癌KRAS基因基因基因基因 突变是埃罗替尼抗性，和患者具有此突变不给予药物的肿瘤。
在胃癌（胃食道和癌症），研究人员已经发现，有些患者的肿瘤有HER2基因的多个副本外
，许多乳腺癌中也出现了一种遗传异常。数据表明，药物曲妥珠单抗（赫赛汀^注册；），一部分的标准治疗乳腺癌患者的癌症被发现携带额外的副本HER2，对胃癌的这一亚组也有同样的效果。基于这些发现，曲妥珠单抗是目前胃癌患者的治疗有一定的标准的一部分。

将基因组学发现与临床试验联系起来

肺癌基因检测是进行肺癌的突变分析（lc-map）项目的一部分，它的纪念斯隆凯特林癌症中心推出2009寻找所有已知的基因突变在肺腺癌肿瘤。肿瘤有非的—表皮生长因子受体突变可能会提供参与的几个临床试验研究的新药物，针对这些特定的遗传缺陷。

&ldquo；发现额外的突变，它可以快速地包括在用于纪念斯隆-凯特琳常规分子生物学分析，&rdquo；说：克里斯的胸部肿瘤学服务主任。&ldquo；同时，我们的调查人员继续调查的标本中没有已知的基因突变被发现，寻找更多的目标。”；

近日，纪念斯隆-凯特琳扩大基因检测包括肿瘤患者的肺鳞状细胞癌。这个测试，寻找突变的数组，来作为对肺鳞状细胞癌的突变分析程序的一部分（sq-map）。该项目，在2011十月推出，是建立在lc-map。

今年夏天，Sloan Kettering纪念研究人员报告有三个致癌突变的至少一个以上的患者鳞状细胞肺癌一半的肿瘤被检测到。 Sloan Kettering纪念患者携带这些特定基因畸变的一个肿瘤有资格招生的临床试验，以测试治疗药物。两项试验已经开始招募患者和第三，预计很快开始。
“在短短一年内，我们不必为我们的鳞状细胞肺癌患者到现在能够提供试验，其中一半以上的靶向治疗药物的零临床试验了，”保罗K.白先生，医疗肿瘤学家说：上Sloan Kettering纪念的胸腔肿瘤服务和SQ-MAP的首席研究员。
Paik称肿瘤试验将包括更多的基因突变，因为他们发现，利用这些发现来患者进入临床试验的sq-map。Paik是纪念斯隆-凯特琳'临床的重要成员；在TCGA '的团队，努力定义分子在肺鳞状细胞癌的改变。
博士Ladanyi，谁与博士曾白先生实施SQ-MAP解释说，该计划的目的是为了确保大量的由TCGA产生的遗传信息和其他的研究工作，为患者提供实实在在的好处。 “我们不希望告诉病人，”你有这个非常有趣的突变，但没有什么我们可以做些什么，“他说。 “我们要确保基因分型是突变的，可以帮助肿瘤学家选择患者的最佳可用的治疗，即使一些新的药物只有在我们的临床试验都可以。”
患者在遗传检测；肿瘤样本可以导致其他类型的癌症临床试验的参与以及。在结肠癌，约百分之5的患者在肿瘤中的突变；BRAF基因突变&mdash；也可见于大约一半的黑色素瘤患者。药物vemurafenib（Zelboraf注册；),这Sloan Kettering纪念在发展发挥了主导作用，去年被批准由美国食品和药物管理局治疗黑色素瘤患者BRAF突变。
图为：伦纳德萨尔茨与艾琳O'ReillyMedical肿瘤学家伦纳德·萨尔茨和艾琳·奥赖利治疗病人的定位到在他们的肿瘤基因变化疗法。
虽然在结肠癌的初步试验，这是没有工作，根据最近的研究结果BRAF在结直肠癌，胃肠肿瘤科医生和科学家罗娜耶格正在制定一项临床试验，以评估使用vemurafenib加帕尼单抗在大肠癌患者BRAF的突变。博士克里斯和胸团队也使用vemurafenib治疗与含有相同的BRAF突变肺癌的人。
在两个正在进行的研究，医疗肿瘤学家爱琳·Ø &rsquo；蕾莉正在测试一类药物称为胰腺癌在某些患者PARP抑制剂。调查人员已经注意到，一些胰腺癌与改变的BRCA和PALB2基因，继承了在某些乳腺癌和卵巢癌牵连突变。 PARP抑制剂已经显示出希望用于治疗那些癌症，博士状语从句O'Reilly的试验是基于这样的理念，他们可能违反BRCA-和PALB2相关胰脏癌有效的。
医学肿瘤学家伊辛巴Y.简吉恩是另一种实验性药物，称为PU-H171效果评价，对具有扩增的胃癌HER2基因。 PU-H171通过Sloan Kettering纪念化学家凯碧Chiosis和开发在实验室中已显示阻断HER2和诱导细胞死亡（凋亡）。博士Janjigian正在寻找超越HER2这将有助于确定哪些患者最有可能受益于该药物在开始临床试验之前额外的分子标记。
对于软组织肉瘤 - 在组织如脂肪，肌肉，神经，肌腱和血液和淋巴管中出现的罕见癌症 - 博士歌手被系统发现的突变在状语从句肿瘤等改变。他也创造许多肿瘤样本，这让他筛选新药物的潜在可能对这种癌症的子集有效的细胞系。 “如果你有一个目标在10％或患者的25％发现了一个突变的药物，然后就可以开始规划临床试验，”他说。
一些试验正在进行基于肉瘤分子认识。一个测试一种试验药物阻断因子CDK4，这是众所周知的在脂肪肉瘤是过度活跃，一个肉瘤中最常见的类型。
图为：罗斯·莱文医师科学家罗斯莱文是寻找遗传标记，会使白血病患者更精确的预后。
另一个试验计划的子集的脂肪肉瘤患者基因中某些变化称为CEBP-阿尔法。的基因产生CEBP-阿尔法，控制细胞如何更加专业化的因素，和缺陷时，它会导致非常侵略性的肿瘤的发展。研究者已在实验室中发现，对于与CEBP-阿尔法缺乏癌症 - 脂肪肉瘤一种亚型的约25％ - 一类药物称为HDAC抑制剂可以是有效的。
基因组研究不仅在实体瘤而且在白血病正在做。 2012年3月，Sloan Kettering纪念研究人员，医疗肿瘤学家和科学家罗斯·莱文L.带领下，发表了确定了一套可用于更准确地进行预测在患有急性髓系白血病（AML）基因异常的研究。
这一发现可以使AML患者中超过三分之二的被分层为新定义的预后组。这反过来有助于临床医生知道患者的子集实际上是从密集的治疗中受益，如更高剂量的化疗或骨髓移植，和哪些病人将与标准护理做好。
“我们非常专注于开发新的药物，但有可能生长出基因组学的另一个重要领域，和这对预后更好的方法，”博士。布伦南的结论。 “当我们能够确定患者的癌症手术后不会复发和让他们避免任何不必要的治疗，以及副作用，这些治疗可能会导致这将是美妙的。”

（注：转载时请注明复诊网）