写作的达纳-法伯癌症研究所癌症知识的书

““经典”是一个我们认为将催化的发现在癌症研究社区公共资源，说：”托德Golub，广大的癌症计划主任，查尔斯A. Dana调查员在人类癌症遗传学在达纳-法伯癌症研究所，和文章的作者之一。”有了这个初步的努力，我们已经采取了一些关键的第一步。现在面临的挑战是，大大扩展了跨细胞系的面板测试的化合物的数量。”

本论文结合基因表达、染色体拷贝数，和大规模并行测序数据从几乎1000的人类肿瘤细胞株与作用24抗癌药物在大约一半的这些细胞系。该项目的规模允许更大的深度的遗传特性和药理注释比以前可能与较少的细胞系。马萨诸塞州总医院和桑格研究所的科学家一个单独的努力出现在对同一问题的性质。

要完成这一壮举，科学家依靠遗传学、计算生物学团队，和药物筛选功能广泛，Dana法伯，诺华公司。他们选择了近1200个商业化的癌细胞株中的947以反映人类癌症的基因组多样性。

“一个对“经典”的优势在于细胞系调查的数量，”尼古拉斯说，斯氏，在广阔的和共同第一作者论文在癌症程序计算生物学家。”我们可以专注于罕见的癌症亚型，仍然有足够的统计分析能力。”

癌细胞株是从肿瘤组织中除去的恶性细胞，在实验室中培养的。在受控条件下，它们可以无限增长。这是进行反复实验，近乎不朽的一个优势，但它可能是一个潜在的陷阱，如果细胞明显不同的肿瘤，因为他们缺乏典型环境。然而，相对少数的例外，在“经典”的细胞是原发肿瘤亚群在多个不同类型的癌症遗传代理代表。

相关的50000多个遗传和分子特征，从这些细胞系产生了计算的挑战，科学家们遇到的自适应算法的生物数据。他们测试了这个工具对已知的癌症药物的敏感性的遗传改变，并确认其系统的方法的值。然后，他们将预测模型的方法应用于癌症的遗传亚型，这对目前的治疗方式提出了挑战。

例如，各种癌症在NRAS基因突变，激活信号通路在肿瘤生长的重要途径。NRAS突变的一些癌症，包括恶性黑色素瘤的子集，可能容易受到药物阻断也参与信号转导蛋白，称为MEK。对“经典”的范围，使调查研究约40的癌细胞系突变是否可以预测到MEK抑制剂药物的敏感性，其中一些正在进行临床试验。

一个遗传特征的分析上升到顶部的芳香烃受体（AhR）在细胞对MEK抑制剂高度敏感的基因。这表明，高水平的AHR可能表明MEK抑制剂药物的敏感性较高。附加实验表明，这些细胞可能也取决于性活动，而MEK抑制剂可能同时在某些情况下拦截AHR的功能。

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