新的阳光下：复发性基因突变的黑色素瘤的达纳-法伯癌症研究所

全基因组测序的25个肿瘤证实了太阳的损害，同时揭示了新的遗传改变的作用

黑色素瘤是最致命的和最具侵袭性的皮肤癌，在太阳花的时间里一直被联系起来了。现在领导的一个团队来自Broad研究所和达纳法伯癌症研究所已测序的25转移性黑色素瘤的全基因组科学家证实慢性暴露于太阳的作用，揭示肿瘤形成新基因的重要变化。

在一篇文章发表于5月9日在自然，作者提供了第一个高分辨率的人类黑色素瘤肿瘤基因组景观的视图。

以前的基因分析都集中在许多类型肿瘤的外显子，集中在基因组中产生的蛋白质提供遗传编码的小部分。

全基因组包含了丰富的遗传信息，并通过测序和分析25个转移性黑色素瘤的肿瘤，一个显着的技术和计算专长，科学家可以学到更多的关于黑色素瘤的遗传改变的各种各样的。

“全基因组测序，无疑增添了丰富的发现不能完全捕获一个全外显子组，”利维说：A. Garraway，医学博士，博士，高级副Broad研究所的成员，在达纳-法伯癌症研究所和哈佛医学院副教授、该研究的共同作者。

“通过寻找整个基因组，你可以更准确地确定背景突变率和不同类别的突变，更自信地描述了在黑色素瘤的紫外线诱变的模式，”米迦勒·F·伯杰，共同作者的纸张。他曾在广泛的癌症基因组分析组和Garraway作为研究科学家和计算生物学家之前的纪念斯隆凯特林癌症中心。

当科学家们探索整个基因组数据的产生和分析时，他们发现，基因突变率随着慢性阳光照射在患者中上升，证实了太阳损害在疾病发展中的作用。

“人类黑色素瘤的全基因组分析表明，首次在该肿瘤类型的许多结构重排的存在，说：”Lynda Chin，一个资深的广泛和合作论文资深作者成员。以前在达纳法伯和哈佛医学院，她现在在德克萨斯大学MD安德森癌症中心的基因组医学部主任。

正如预期的那样，科学家们发现了已知的BRAF和NRAS25例肿瘤中24例突变。这两个基因都参与了发送信号在细胞生长中的重要。

一个基因跳出来：prex2，以前有牵连的乳腺癌阻断肿瘤抑制途径，改变了百分之44的患者。在一个更大的验证队列的107个肿瘤，突变的频率为百分之14。

prex2在遗传中断收敛的出现加速肿瘤的发展突变。其发生突变而不仅仅是在热点通常打开的癌基因，一种致癌基因和癌症驱动向前。
的改变也被分散在该基因的长度在一个模式通常发生在另一个类的致癌基因，被称为肿瘤抑制基因，关闭。
伯杰说：“这里的突变模式看起来更像是一种肿瘤抑制基因，但从功能性实验，它表现的更像是癌基因。
什么时候prex2功能正常，它与PTEN蛋白。PTEN是一种抑癌基因，在正常细胞生长的控制。在达纳-法伯在中国的实验室小鼠的实验表明，prex2突变刺激肿瘤生长的方式，还没有完全理解。
“我们还不能说我们知道它是如何工作的，”加拉威说“。prex2可能只有突变的癌基因指向我们的一个非常有趣的新的类别的至少一个和可能更多的途径，这将是值得在黑色素瘤治疗靶向“。
识别的prex2可能是冰山的一角。
“新的黑色素瘤基因仍然被发现，这种无偏见的方法，如图所示prex2和其在体内的致癌性的示范，”齐秦说。
其他广泛，达纳 - 法伯，和哈佛大学的研究人员谁对这项工作作出了贡献包括伊兰Hodis，蒂莫西P.赫弗南，约拿单Lissanu Deribe，迈克尔S.劳伦斯，阿列克谢Protopopov，埃伦娜诺娃，伊恩·沃森河，伊丽莎白尼克森，Papia戈什，上海雷张，Rhamy扎伊德，小贾仁，克里斯蒂安Cibulskis，安德烈Y. Sivachenko，尼基尔Wagle，嘉莉Sougnez，罗伯特·多诺弗里奥，劳伦安布罗，丹尼尔·奥克莱尔，蒂莫西·芬内尔，斯科特L.卡特，Yotam干燥机，佩塔尔·斯托扬诺夫，梅雷迪思A.歌手道格拉斯Voet，瑞晶，戈登Saksena，霍尔迪Barretina，亚历克斯·拉莫斯阁下，特雷弗·J.普格，萨科Stransky，梅利莎帕金，温迪温克勒，斯科特 - 马汉，克里斯汀Ardlie，珍妮弗·鲍德温，珍妮弗Wargo，马修·梅尔森，斯泰西B.加布里埃尔，托德河戈卢布，埃里克·S·兰德，和盖德·盖茨。
从大学医院埃森，魏茨曼科学研究所和维也纳大学医学院的研究人员也推动了这项工作。
这项工作是由美国国家人类基因组研究所，美国国家癌症研究所，FWF奥科学基金，美国国立卫生研究院主任的新的创新奖，和宝来的威康基金的支持。

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